Dworzec kolejowy znajduje się poza samą Prostynią, na południe od miejscowości. Z Prostyni trzeba jechać na południe do drogi krajowej nr 10, następnie skręcić w lewo. Po przejechaniu mostu na Drawie trzeba skręcić w pierwszą drogę w prawo. Na końcu tej drogi znajduje się stacja kolejowa Prostynia.

Stacja na linii kolejowej z Piły do Ulikowa. Do czasu wybudowania osobnej bocznicy stacja pełniła głównie rolę miejsca załadunku i wyładunku wojskowych transportów powiązanych z nieodległym poligonem. Dworzec jest jednokondygnacyjną murowaną i otynkowaną budowlą.

Z Prostyni można dojechać do Kalisza Pomorskiego, Piły, Stargardu Szczecińskiego, Szczecina i Wałcza. Dostępnych jest kilkanaście połączeń dziennie, które są obsługiwane przez spółkę PKP Przewozy Regionalne. Na stacji nie ma kasy. Budynek stacji nie jest udostępniony podróżnym. Perony są dostępne dla osób niepełnosprawnych. Przed budynkiem dworca kilka niestrzeżonych miejsc parkingowych.