Rzeka rozpoczyna swój bieg w okolicach Kiełpina, uchodzi zaś do Stobnicy. Przepływa przez obszar gmin Choszczno i Drawno w powiecie choszczeńskim.  

Wardynka jest mierzącym 17,8 km dopływem Stobnicy, która należącej do zlewni Iny. Źródła rzeki znajdują się na północ od wsi Kiełpino. 

Wardynka przepływa przez obszary torfowisk, cechujących się dużymi wartościami przyrodniczymi. Charakter rzeki zmienia się wraz z jej przebiegiem - o ile płynąc przez tereny łąk meandruje ona, powolnie tocząc wody, o tyle osiągając odcinek przełomowy jej nurt przyspiesza przypominając charakterem górski potok.