W kwietniu 1959 roku Zarząd Okręgowy Szkolnego Związku Sportowego w Szczecinie powołuje przy Liceum Ogólnokształcącym w Gryfinie, Międzyszkolny Klub Sportowy, którego członkami są najlepsi lekkoatleci Liceum. Na początku swojej działalności był to klub jednosekcyjny. Pracą klubu kierował wówczas instruktor a później trener, mgr Ludwik Alchimowicz, który oprócz prowadzenia treningów zajmował się wszystkimi sprawami związanymi z działalnością klubu. Działalność klubu finansowana była przez Zarząd Okręgowy Szkolnego Związku Sportowego w Szczecinie. Klub był zarejestrowany w Polskim Związku Lekkiej Atletyki i brał udział we wszystkich imprezach organizowanych przez Okręgowy Związek LA i SZS. W każdym roku członkowie klubu reprezentowali Okręg w zawodach centralnych. Pierwsze wyjazdy na zawody i pierwsze sukcesy sprawiły, że ilość członków sekcji stopniowo zaczęła wzrastać. W grudniu 1959 roku było już 31 członków. Ilość członków LA w latach 1960 - 75 utrzymywała się w granicach 30 - 40 osób.

W 1961 roku zostaje powołana i rozpoczyna działalność druga sekcja - sekcja żeglarska, której założycielem był mgr Bolesław Sikora. Podobnie jak L. Alchimowicz pełnił on jednoosobowo funkcję instruktora, bosmana i komandora sekcji

5 stycznia 1976 roku, na zebraniu zarządu , podjęto decyzję o przybraniu aktualnej do dzisiaj nazwy klubu - MKS Hermes.

Do 1978 roku bez przerwy pracowały tylko dwie w/w sekcje. Zarząd podejmował próby zwiększenia ilości sekcji, jednakże z braku trenerów lub ich rezygnacji z pracy były to sekcje krótkotrwałe w swojej działalności (piłka nożna, piłka siatkowa).

W 1979 roku rozpoczyna działalność w MKS-ie sekcja piłki ręcznej chłopców, która bardzo szybko i prężnie rozwijała się do 1988 roku.

Kolejną sekcją MKS HERMES była sekcja badmintona, która rozpoczęła działalność w 1987 roku i działała do 1989 roku.

Piłka ręczna dziewcząt to kolejna sekcja, która w okresie swojej działalności w klubie dostarczyła wiele radości i przyniosła chwałę i sukcesy nie tylko krajowe. Sekcja dochowała się reprezentantek polski w kat. młodzieżowych (Katarzyna Duran, Marta Nowak, Monika Bieniewicz, Marta Goraj) oraz reprezentantek kraju seniorek (Kasia Duran, Marta Goraj). Dziewczęta do dzisiaj grają w klubach ekstraklasy (SPR Lublin S.S.A. oraz KU AZS Politechnika Koszalińska. Sekcja działała w latach 1992 - 2003.

W 1993 r. zarząd Klubu podjął decyzję o powołaniu sekcji gimnastyki artystycznej. Do pracy została zaangażowana trenerka Olena Turkina, która zdecydowała się na stałą pracę w Polsce. Początkowo działalność sekcji ukierunkowana była przede wszystkim na zajęcia rekreacyjno - sportowe z uwzględnieniem walorów zdrowotnych i estetycznych, jakie wnosi ta dyscyplina. Z czasem zaczęła przekształcać się w sekcję typowo sportową a zawodniczki zaczęły skuteczną rywalizację z najlepszymi w kraju - zobacz.

Od 2003 do 2013 r. działała w Hermesie sekcja biathlonu letniego. Sekcja wykorzystywała potencjał trenerski i zawodniczy sekcji lekkiej atletyki współpracując z Klubem Strzelectwa Sportowego „Regalica” gdzie zawodnicy przechodzili szkolenie strzeleckie pod okiem Kazimierza Chojnackiego - zobacz.

W 2009 r zawiązała się dorosła grupa miłośników biegania rekreacyjnego przyjmując nazwę "Klub Biegacza Hermes Gryfino". W ten sposób "dorobiliśmy się kolejnej sekcji, tym razem dla dorosłych. Sekcja skupia pasjonatów wspólnego biegania, którzy także z powodzeniem startują w imprezach biegowych w całej Polsce a także zagranicą.

Rok 2010 przyniósł kolejne zmiany. Po "zawirowaniach" w GKS Delf Gryfino z tego klubu odchodzi część działaczy. Wraz z trenerem Zbigniewem Kozakiewiczem odchodzą także jego zawodnicy. Klub nasz, na wyraźną prośbę rodziców tych zawodników wyraża zgodę na ich przygarniecie, powołując kolejną sekcja - triathlonu.

Aktualnie w MKS HERMES działa pięć sekcji sportowych :
  -    lekkiej atletyki od 1959 roku
  -    żeglarska od 1961 roku
  -    gimnastyki artystycznej od 1993 roku
  -    "Klub Biegacza" od 2009 roku
  -    triathlonu od 2010 roku