Czartoryja leży we wschodniej części gminy Chojna, w odległości koło 4 km od siedziby gminy. Część wsi położona jest wzdłuż drogi powiatowej nr 1401 Z, druga część (były PGR) wzdłuż drogi zakładowej z Czartoryi do Drozdowa. Jest siedzibą sołectwa Czartoryja na które składają się wieś Czartoryja oraz osada Barnkowo. Sołectwo zajmuje obszar o powierzchni 13, 3329 km2. Wieś położona jest wśród wzgórz morenowych. Do wsi od strony Chojny prowadzi podwójna aleja lipowa.

Pierwszy raz pojawia się w źródłach historycznych w 1337 r. jako Conradestorp (od imienia założyciela Kondra). W piśmiennictwie z 1386 r. pojawia się informacja o istniejącym we wsi dworze, którego właścicielem jest Kerstian von Wedel. Rodzina Wedlów była najprawdopodobniej pierwszymi właścicielami wsi. W 1484 r. długi zmusiły Wedlów do sprzedaży dworu i wsi klasztorowi augustianów w Chojnie. Po reformacji dobra zakonne włączono do domeny elektorskiej z zarządem w Cedyni. We wsi były dwa folwarki. W dokumentach z 1718 r. pojawia się informacja o wybudowaniu we wsi nowego młyna wodnego (Wedeller Muhl) na północy wsi nad niewielkim ciekiem wodnym. Obecnie z zabudowań młyna nic nie pozostało.