Kościół pw. św. Tomasza Apostoła zlokalizowany jest w prawobrzeżnej części Szczecina, na osiedlu Kasztanowym. Łatwy dojazd komunikacją miejską.

Leżąca na osiedlu Kasztanowym parafia została erygowana dnia 20 sierpnia 1998 r. specjalnym dekretem wydanym przez arcybiskupa Mariana Przykuckiego. Poświęcenie budynku odbyło się dnia 1 listopada 1998 r. Wówczas pierwszym proboszczem został ksiądz Zbigniew Tyszkiewicz, któremu wspólnota zawdzięcza zabiegi o uzyskanie Domu Bożego. Początkowo Msza Święta odprawiana była w bloku mieszkalnym oraz w dawnej restauracji, równolegle uzyskano pozwolenie na budowę i prace ruszyły od wykopania fundamentów. Sam plan budowy został stworzony przez architekta Rozwarskiego. W październiku 2003 roku arcybiskup Zygmunt Kamiński poświęcił kaplicę. W 2005 r. pojawiają się problemy duszpasterskie w parafii i podczas pielgrzymki rodzi się pomysł zawierzenia ich Matce Boskiej Fatimskiej. Rozpoczyna się na szeroką skalę kult Matki Bożej Pani Fatimskiej w Załomie. Następnie parafianie darowują figurze szczerozłotą koronę i różaniec z pereł, które dnia 8 października 2008 r. na audiencji generalnej w Watykanie poświęcił papież Benedykt XVI.