Muzeum ma swoją siedzibę w dawnej kaplicy św. Ducha, która znajduje się w południowo-zachodniej części Starego Miasta, w obrębie dawnych murów miejskich, przy drodze krajowej numer 26.

Od 1979 roku Muzeum znalazło swoją siedzibę w dawnej kaplicy św. Ducha. Prowadzi działalność wystawienniczą, edukacyjno-oświatową, naukową oraz wydawniczą. Obecnie można zwiedzić cztery wystawy: „Myślibórz we wczesnym średniowieczu”, „Z dziejów Myśliborza”, „Historia i etnografia”, Galeria „M” ze sztuką współczesną. Wśród licznych eksponatów można zobaczyć m. in.: eksponaty z wczesnego średniowiecza, wydobyte podczas prac archeologicznych, ceramikę z warsztatu garncarskiego, renesansowe piece kaflowe, krucyfiks z XV wieku, pochodzący z Kapliczki Jerozolimskiej, narzędzia rolnicze i gospodarstwa domowego czy dokumenty z lat 1945-1950.

Z Muzeum Pojezierza Myśliborskiego powiązany jest również Ośrodek Edukacji Plastycznej, mający siedzibę w Kaplicy św. Gertrudy.