Kościół znajduje się w centrum miasta - przy Parku Bolesława Chrobrego, za rogiem znajduje się Plac Wolności. 

Gotycki Kościół św. Jana Chrzciciela dominuje w panoramie Stargardu i jest jego najwyższą budowlą. W swojej obecnej formie pochodzi z XV wieku, ale jego tradycja architektoniczna i historyczna stawia go na pierwszym miejscu wśród stargardzkich świątyń.​

W XIII wieku stargardzki zakon joannitów wybudował tu klasztor oraz kaplicę pw. św. Jana Chrzciciela. Pomimo, że nie zachowały się żadne pisane informacje na temat kształtu tej kaplicy, można częściowo zrekonstruować jej formę z ocalałych w filarach prezbiterium obecnego kościoła fragmentów. 

W 1351 Odylia, żona rzemieślnika z Nowogardu, Heinricha Schmidta, ufundowała ołtarze poświęcone św. Andrzejowi Apostołowi, św. Małgorzacie i św. Hieronimowi.  W roku 1388 duchowny Reynoldus Block przekazał 200 marek na wykonanie ołtarza Ciała Chrystusowego, który został założony w roku 1429 przez księdza Alberta Tuschera. Fundacja ołtarza Ciała Chrystusowego związana była z powstaniem Bractwa Ciała świętego (czyli Najświętszego Sakramentu). Kaplica z ołtarzem znajdowała się początkowo zapewne poza kaplicą św. Jana Chrzciciela. Później przeniesiono ją do kaplicy dobudowanej od strony północnej.

W roku 1398 podjęto decyzję o rozbudowie kaplicy świętojańskiej w kościół pod patronatem Rady Miasta. Przez dziesięć lat zbierano fundusze, aby w 1408 roku rozpocząć jednocześnie budowę wieży i korpusu kościoła. O rozpoczęciu budowy informuje tablica wmurowana w ścianę wieży, wykonana z wapienia, na której znajduje się następujący łaciński napis: ”a została w roku 1408, w dniu męczeństwa św. Jerzego [24 kwietnia] przy pomocy Panów Mateusza Schonenbercha, Henninga Busselera, Henryka Bachwerka prowizoriów tego kościoła. Dzieło Boże zostało rozpoczęte”. Kaplica św. Jana stała się teraz prezbiterium nowego kościoła. Od zachodu rozpoczęto budować wieżę. Natomiast przestrzeń między prezbiterium a wieżą przerodził się w korpus kościoła. Założono też sklepienia gwieździste w kształcie ośmioramiennych gwiazd. 

Na jednym z najstarszych widoków Stargardu pochodzącym z XVII w. wieża kościoła posiada krenelaż, charakterystyczny dla średniowiecznych budowli obronnych. Z jego wieńca wyrasta ostrosłup. Wieżę ukończono w roku 1429. Wtedy też wzniesiono od południa Kaplicę Mariacką. Dzisiaj w tym miejscu mieści się wejście na wieżę. Na końcu, w 1463 r. ufundowany został najstarszy z dzwonów. 

Około roku 1500 wzniesiono obejście prezbiterium i szereg kaplic, które otaczają wschodnią część kościoła. Utworzono w nich sklepienia krzyżowe i kryształowe. Sklepienia kryształowe (nie licząc tych z kościoła dominikanów w Myśliborzu) są ewenementem na całym Pomorzu Zachodnim. Licząc od strony zakrystii wzniesiono kaplice: Płócienników, św. Mikołaja, Trzech Króli (pod patronatem joannitów), Dziesięciu Tysięcy Rycerzy i Męczenników (należącą do rodzin von Köseke, Maskow i Walter), św. Filipa i Jakuba (kaplica piekarzy), Kuśnierzy oraz nie istniejącą dzisiaj kaplicę św. Andrzeja. 

W 1556 r. kościół przeszedł w ręce duchownego protestanckiego - Hermanna Ricke. Zgodnie z wymogami zasad liturgii protestanckiej, między filarami wybudowano drewniane empory (balkony), a centralne miejsce w świątyni zajęła kazalnica.

Podczas wielkiego pożaru miasta w roku 1635 kościół św. Jana nie ucierpiał. Ocalała także grupa kilkunastu sąsiednich domów. Jednak w roku 1697 zawaliła się wieża kościoła niszcząc prawie wszystkie sklepienia. Po dwóch latach wymurowano nowy szczyt wieży w formie dwuspadowego dachu. Nie odbudowano jedynie sklepień w samej wieży oraz w pomieszczeniach przylegających do wieży od północy i południa. 

Podczas wojen napoleońskich kościół został zarekwirowany na pięć lat przez wojska francuskie. W roku 1813 utworzono w świątyni lazaret, potem skład siana, aż wreszcie zamieniono go w więzienie. Po upadku Napoleona kościół znów pełnił funkcję religijną, założono nowe tynki i posadzki, wstawiono witraże. Jednak w 1836 roku potężna wichura zerwała dach nad korpusem kościoła.

Remont kościoła przeprowadzono we wnętrzu korpusu nawowego w roku 1883, zaś resztę budowli restaurowano na przełomie 1892 i 1893 roku. Przelicowano wówczas południową elewację korpusu, zamurowano portal zachodni w wieży i nałożono nowy - węższy i niższy. Najbardziej widoczną zmianą było założenie nowego hełmu wieży, którego wysokość (łącznie z wieżą) wynosi 99 metrów. Od czasów zniszczenia hełmu wieży katedry św. Jakuba w Szczecinie w roku 1945, wieża świętojańskiej świątyni jest najwyższa na Pomorzu Zachodnim i trzecia w Polsce. 

W wyniku natarcia wojsk radzieckich w marcu 1945 roku, częściowemu zniszczeniu uległ dach nad korpusem kościoła, który już rok później naprawiono. W wieży natomiast utkwiły dwa pociski artyleryjskie. Poświęcenia kościoła dokonał 19 czerwca 1946 r. ks. Tadeusz Długopolski TChr, pierwszy proboszcz w powojennym Stargardzie. 

Zabytkowe wyposażenie świątyni uległo rozproszeniu. Do II wojny światowej na wyposażeniu kościoła najcenniejszy był duży, późnogotycki poliptyk świętojański z II poł. XV wieku, dzieło warsztatu pomorskiego, o widocznych jednak wpływach sztuki Hamburga i Rostocku. W szafie środkowej mieściły się duże rzeźby Maryi i Chrystusa oraz sceny z życia św. Jana. Został on zdemontowany przed działaniami wojennymi w 1945 i złożony w kościele filialnym w Tychowie. Barokowa ambona została wywieziona w głąb Niemiec w 1945. 

W roku 1954 naprawiono dach i odnowiono organy. Trzy lata później założono nowe posadzki, ustawiono balustradę przed pre­zbiterium, naprawiono dwa dzwony i rozpoczęto prace remontowe na wieży kościoła. W latach 1958-1961 przeprowadzono renowację wnętrza. W tym czasie powstały również polichromie Archaniołów, Ewangelistów i scena Chrztu Chrystusa w Jordanie. W następnych dwóch założono instalację elektryczną, której kościół był dotąd pozbawiony, oświetlenie i nagłośnienie. W połowie lat 90. wymalowano wnętrze kościoła.

Wiosną 1998 r., podczas remontu zwieńczenia wieży, odkryto zbiór dokumentów i monet wraz z listem pastora kościoła, z datą 17 sierpnia 1893, umieszczonych w metalowej kuli. Odkryte przedmioty przechowywane są w Muzeum Archeologiczno-Historycznym przy Rynku Staromiejskim

Kościół należy do parafii pw. św. Józefa, której nazwa pochodzi od nieistniejącego kościoła, który znajdował się w pobliżu.

Porządek nabożeństw:
Msze święte niedzielne i świąteczne:
6.30, 8.00, 9.30, 11.00 - dzieci, 12.30 - suma parafialna, 14.00 - chrzcielna (2 i 4 niedziela miesiąca), 19.00 - młodzież, studenci

Msze święte w dni powszednie:
Poniedziałek-środa:
6.30, 8.00, 9.00 - pogrzebowa (jeśli jest pogrzeb), 18.30 - Odnowa w Duchu Świętym
Czwartek:
6.30, 8.00, 9.00 - pogrzebowa (jeśli jest pogrzeb), 18:30 - I czwartek miesiąca - rodziny powołanych do kapłaństwa i życia zakonnego, 19.30 - Msza dla młodzieży i studentów
Piątek:
6.30, 8.00, 9.00 - pogrzebowa (jeśli jest pogrzeb), 12.00 (do Miłosierdzia Bożego), 18.30 - za zmarłych polecanych w wypominkach rocznych (I piątek miesiąca - Wynagradzająca NSPJ), IV piątek miesiąca 18:30 - Msza Święta z modlitwą o uzdrowienie + Muzyczne Uwielbienie
Sobota:
6.30, 8.00 (I sobota miesiąca w intencji Żywego Różańca, II sobota miesiąca - Rodzina Franciszkańska, III sobota miesiąca - Szkaplerz Święty), 9.00 - pogrzebowa (jeśli jest pogrzeb), jeśli są śluby: 14.00, 15.00, 16.00, 17.00, 18.30; 18.30 - Msza Niedzielna (dla osób które nie mogą w niedzielę uczestniczyć w Eucharystii)

Nabożeństwa:
Stałe:
- Nowenna do św. Józefa, Patrona Parafii - wtorki, godz. 18.15
- Nowenna do Matki Bożej Nieustającej Pomocy - środy, godz. 18.15
- za zmarłych polecanych w rocznych wypominkach - piątki, godz. 18.00 (modlitwa różańcowa). W niedziele listopada o godz. 15.00 różaniec za zmarłych na cmentarzu. 
- Godzina święta - I Czwartki Miesiąca, godz. 17.30
- Koronka do Miłosierdzia Bożego - piątki, godz. 12.00
- Litania do św. Rafała Kalinowskiego - III sobota miesiąca, godz. 8.00.
- Godzinki do św. Franciszka (II sobota miesiąca, godz. 7.30)
- Nabożeństwa Adoracyjne: niedziela, godz. 18.00

Okresowe:
1. Gorzkie Żale - niedziele Wielkiego Postu. godz. 18.00
2. Drogi Krzyżowe - piątki Wielkiego Postu:
- godz. 17.00 - dla dzieci
- godz. 8.30 i 18.00 - dla dorosłych
- godz. 19.15 - dla młodzieży i studentów
3. Nabożeństwa Majowe:
- dla dorosłych codziennie o godz. 18.00
- dla dzieci: poniedziałek, środa i piątek o godz. 17.00
- dla młodzieży codziennie z wyjątkiem czwartków i niedziel o godz. 19.15 przy figurze Matki Bożej 
4. Nabożeństwa Czerwcowe - codziennie o godz. 18.00
5. Nabożeństwa Październikowe (Różańcowe):
- dla dorosłych codziennie o godz. 18.00
- dla dzieci: poniedziałek, środa i piątek godz. 17.00
- dla młodzieży codziennie z wyjątkiem czwartków i niedziel o godz. 19.15 przy figurze Matki Bożej 
6. Nabożeństwa Fatimskie -13 dzień miesiąca od maja do października. Możliwość całodziennej modlitwy przed figurą Matki Bożej Fatimskiej, o godz. 18.00 - różaniec i procesja ze świecami
7. Godzinki o Niepokalanym Poczęciu NMP - Adwent, godz. 6.00 (w niedziele po pierwszej Mszy św.)
8. Roraty - Adwent:
- dla dorosłych i młodzieży o godz. 6.30
- dla dzieci w poniedziałki, środy i piątki o godz. 17.00
9. Wypominki - listopad godz. 18.00.
10. Opieki Matki Bożej Ostrobramskiej - 16-20 listopada, godz. 12.00 i 18.00.

Odpust: 19 III i 24 VI.